Pátá loď je příběhem dětského dobrodružství, svět dospělých viděný dětským pohledem, tedy i s tím, co dospělí nevidí.
Film vypráví příběh dětí, které se bezpečněji než doma cítí na ulici, kde hledají záchranné čluny mezi pohádkou a drsnou realitou. Takovým dítětem je i Jarka. Je jí deset a má mámu, která nechce být mámou. Jarka je stále sama, zoufale hledá lásku a nachází ji náhodou, když se rozhodne nahradit matku dvěma batolatům, s kterými se ukryje v opuštěné zahradní chatce.
Spolu s chlapcem Kristiánem si takto vytvoří dětskou rodinu, dobře ukrytou před očima dospělých. Svůj svět v zahradě, který si na chvíli dokázali vytvořit, a pouto, které mezi nimi vzniklo, si odnášejí do života jako cosi tajemně čistého a trvalého.
